本所(含萬里區所、三芝區所、石門區所)原分別隸屬於臺北縣各該鄉公所戶籍課,為因應動員戡亂時期實際需要,以「改進戶籍行政、嚴密戶口管理、確保國家社會安全」為目的,於民國62年3月12日依「戡亂時期臺灣地區戶政改進辦法」實施戶警合一,由隸屬民政機關改隸警察機關。民國81年7月1日配合終止動員戡亂時期及實際業務需要,省(市)以下戶政業務由民(戶)政單位掌理,戶警實施分立,本所(含萬里區所、三芝區所、石門區所)改隸臺北縣政府民政局,民國99年12月25日改制為區。自103年3月10日起,本所、萬里區、石門區、三芝區戶政事務所整合為新北市金山戶政事務所,餘為萬里區所、石門區所、三芝區所。